Pobyt w więzieniu umocnił ks. Blachnickiego w przekonaniu, że katolicyzm powierzchowny nie ostoi się w zderzeniu z nowoczesnym pogaństwem
Ks. Franciszek Blachnicki dwukrotnie znalazł się w więzieniu w Katowicach przy ul. Mikołowskiej. Za pierwszym razem, gdy w marcu 1942 r. niemiecki sąd skazał go na karę śmierć za działalność konspiracyjną i ponad cztery miesiące oczekiwał na wykonanie wyroku. Za drugim przebywał tam w 1961 r., aresztowany za działalność w Krucjacie Wstrzemięźliwości. Nazywał ten okres „czasem rekolekcji zamkniętych”.